Бердянський державний педагогічний університет – сучасний заклад вищої освіти, центр освіти, науки й культури Північного Приазов’я, багатогалузевий навчально-науковий комплекс, у структурі якого діють науково-дослідні інститути:

• В Інституті нанотехнологій (директор – доктор технічних наук, професор Яна Сичікова) за рахунок коштів державного бюджету та програми “Кембридж – НФДУ 2022. Індивідуальні гранти на проведення досліджень (розробок) для українських вчених (за підтримки Кембриджського університету, Велика Британія)” виконуються фундаментальні дослідження, проводяться міжнародні дослідження з синхротронного опромінення, здійснюється співпраця з закордонними колегами в межах  Дій  COST CA20129 – Багатомасштабне опромінення та хімія, керовані процесами та пов’язаними технологіями (MultIChem та  COST Action CA20126 – Мережа досліджень, інновацій та розробки продуктів на пористих напівпровідниках і оксидах (NETPORE), а також Max IV Beamline «FinEstBeAMS» Proposal ID 20220500,  DESY Photon Science PETRA III beamline P66, Ліги європейських джерел фотонів на основі прискорювачів – LEAPS – Національний центр синхротронного випромінювання SOLARIS
• У науково-дослідному інститути історичної урбаністики (директор – доктор ісоричних наук, професор Вікторія Константінова) проводяться багатоаспектні наукові дослідження міської історії, усноісторичних досліджень з міської історії із формуванням архіву усноісторичних інтерв’ю; здійснюється робота в складі редколегії та авторів історико-культурологічного альманаху «Фронтири міста»; формується депозитарій кінодокументів з міської історії. Громадська діяльність інституту спрямована на популяризацію історії міст і на взаємодію науковців із суспільством.

З 2011 р. в БДПУ діє археологічна лабораторія. Протягом часу існування проведено чимало досліджень та експедицій не лише на території України, а й за її межами (м. Бяла, Болгарія). Перший напрямок роботи лабораторії передбачає археологічні розвідки та розкопки, а другий – підготовку наукових звітів і публікацій по проведеній роботі. Щорічні наукові звіти (на правах рукопису) надаються до Інституту Археології НАНУ та зберігаються у науковому архіві.

При кафедрі соціальних комунікацій функціонують лабораторія радіожурналістики та лабораторія тележурналістики, завдяки яким здобувачі вищої освіти спеціальності 061 Журналістика мають змогу формувати практичні навички створення радіо- та телепрограм у межах вивчення курсу «Журналістський фах». Також лабораторії є майданчиком для організації діяльності студентського інтернет-радіо «Шалена хвиля» та студентського телеканалу StudMedia BDPU.

Навчально-логопедична лабораторія – структурний підрозділ факультету дошкільної, спеціальної та соціальної освіти, створений для застосування здобувачами спеціальності 016 Спеціальна освіта отриманих теоретичних знань під час надання корекційно-розвиткової допомоги дітям з функціонально-мовленнєвими порушеннями, здійснення консультативно-просвітницької діяльності серед населення, апробації наукових досліджень та проведення педагогічного експерименту дослідницької роботи без відриву від навчання.