Формуванню експозиції музею І. Лиманом та В. Константінової передували підготовка та публікація п‘ятитомного археографічного видання «Матеріали з історії Бердянського державного педагогічного університету». Процес цієї підготовки розпочався ще в 2002 р, перший том серії побачив світ у 2006 р.

Концептуальним є місце розташування музею. Адже він знаходиться в історичній будівлі колишньої чоловічої гімназії, на сьогодні — єдиній в Бердянську будівлі-пам‘ятці національного значення. Зображення, розміщені на першому поверсі лівого крила цієї будівлі, дозволяють відвідувачам «зануритись» в атмосферу Бердянська часів існування тут гімназії. В цьому ж крилі розташований і безпосередньо музей історії БДПУ. У експозиції представлена кожна знакова віха історії навчального закладу:

• Бердянська чоловіча гімназія.
• Бердянські педагогічні курси, Бердянський педагогічний технікум.
• Бердянський державний інститут соціального виховання, педагогічний інститут, державний учительський інститут.
• Державний педагогічний інститут.
• Бердянський державний педагогічний університет.

Кожен з 8 останніх стендів експозиції присвячений одному з інститутів і факультетів сьогоднішнього БДПУ.
Окрасою музейної колекції стали оригінальні печатки Бердянського чоловічої гімназії і Осипенківського учительського інституту , макети університетських будівель, виготовлені зберігачем фондів Музею А. Федчиняком, а також особисті речі ректорів . В експозиції представлені і книги часів Бердянської чоловічої гімназії, що збереглись у бібіліотеці БДПУ; записничок випускника Бердянської чоловічої гімназії, завідувача навчальної частини Бердянського педагогічного технікуму і помічника директора інституту Ю.І. Кара-Куркчі; оригінали документів вступників Осипенківського державного учительського інституту 40-х років ХХ ст.; книги, подаровані БДПУ випускником 1939 р. Є.С. Березняком («Майором Вихором»), випускником 1959 р., екс-заступником міністра освіти України В.П. Шепотьком; подароване БДПУ науковцем Австралійського національного університету в Канберрі Оленою Говор її археографічне видання зі спогадами про часи існування Бердянської чоловічої гімназії (предки сім‘ї цієї австралійської дослідниці навчались у гімназії).

Музей розглядається як освітній, науково-дослідний музей, метою діяльності якого є не лише популяризація, але і продовження дослідження історії БДПУ із залученням до цього студентів і аспірантів, із впровадженням у навчальний процес досліджень з історії університету.

Музей включений в структуру НДІ історичної урбаністики. Адже в більш широкому контексті він являє собою музей історії освіти в міському просторі.